1953年復活節，經母會艋舺教會的支持協助，教會諸前輩因著傳福音的熱忱，忠心的女僕王益長老提供住宅為聚會處，南門教會於焉設立。王貞婉女士為開拓傳道，當時是在榻榻米上聚會，人數約有二、三十人，大家熱心敬拜、一同服事。首任牧師是胡茂生牧師，他是1957年到任到1995年退休，一生貢獻在南門教會共38年之久，教勢日日進展，期間歷經教堂4次的擴建，到2005年已有美輪美奐的殿堂及數百人的信徒。這當中尚開拓或協助成立子會計有南光教會、中央教會、雙和教會、中和教會及國際日語教會，辦理幼稚園造福社區小孩，對內重視團契生活及各年齡層學子的信仰造就，也大力支持總、中會的福音事工及社會中弱勢者的需要。近年來則增設老人事工(松年大學、長青樂活站)，開辦華語禮拜，及支持坪林教會的宣教事工。
本會秉持福音的宣揚及愛的行動，歡迎所有渴慕主恩的人來教會。
耶穌說：「凡勞苦擔重擔的人都到我這裡來，我要使你們得安息。」(聖經馬太福音書第十一章28節)
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